第48話「危険なフーセン旅」 早く銀河連盟に帰りたいプッコは、反陽子爆弾を地中に埋めて一人で円盤で飛び立ってしまう。翌日、人々に発見された爆弾は、爆弾ブローカーの手に。ボッコ達は爆弾を奪い返したが、安全装置が外れカウントダウンが始まってしまった。 1966年5月2日放送 脚本：三木瀬たかし / 演出：大貫信夫 第49話「スモッグミサイル」 友人達と広場で野球中、近くの工場に入ってしまったボールを取りにいった真一。そこで密談をしていた、怪しげな男達に捕まってしまった。彼らは世界各地に、スモッグの発生するミサイルを打ち込もうと計画していたのだ。 1966年5月9日放送 脚本：月岡貞夫 / 演出：月岡貞夫 第50話「てんてこマシーンでやっつけろ」 宇宙の生物を見たいと言う真一の頼みを聞いて、ノッコはなんでも実体化してしまうイメージ現像機を製作。だがこの機械が、某国で反乱を目論む元大臣に盗まれてしまった。軍隊を作り出した元大臣は、首相官邸に進軍を開始する。 1966年5月16日放送 脚本：波多正美 / 演出：波多正美 第51話「地底のクジラ」 湖で怪物が目撃されたというニュースを聞き、真一達は現場へと向かった。そこに現れた怪物の正体は、発光プランクトンによって金色に輝くクジラの子供。W3は一攫千金を目論む見世物師の手からクジラを守り、海に帰そうとする。 1966年5月23日放送 脚本：北斗 輝 / 演出：高橋良輔 最終話「第52話 サヨウナラ・ワンダースリー」 W3が地球に来て一年が経過した。W3の調査報告から、銀河連盟はついに地球の処置を決定。W3に下された命令は、反陽子爆弾による地球の破壊であった。その通信を聞いてしまった真一は、なんとか止めさせようとするのだが……。 1966年6月27日放送 脚本：手塚治虫 / 演出：W-3演出部 Disc-9へ < <